팽나무가 지키고 서 있는 목사내아는 조선시대 나주목사의 살림집으로, 나주읍성 안에 있던 관아건축물 중 객사(客舍)인 금성관, 아문(衙門)인 정수루 등과 함께 지금까지 남아 있다. 건물은 일반적인 내아(內衙)의 양식에서 크게 벗어나지 않았으며, ㄷ자형으로 된 팔작지붕 구조이다. 일제강점기부터 1980년대 후반까지 군수의 관사로 사용하면서 원래의 형태를 많이 잃어버렸으나, 복원한 목사내아는 조선시대 관아 건축의 원형을 알 수 있는 중요한 자료로 평가받고 있다.